disp('read_co2_neaqs_GOMECC.m')
% Opens Channel #1 , which is the SDM protocol from the Licor 7500
% Inputs data from ASCII data files

Licrate=10;%data rate in Hz
Lenlic=3600*Licrate;
Nlenlic=floor(Lenlic/6);

ppp=0;
z=zeros(9,72000);
fclose('all');
if hhh<10,
   dfx2=['0',num2str(hhh)];
else,
   dfx2=num2str(hhh);
end;

if ddd<10,
   dfx1=['00',num2str(ddd)];
elseif ddd<100,
   dfx1=['0',num2str(ddd)];
else,
   dfx1=num2str(ddd);
end;

dfx=[dfx1 dfx2];

dfl=[way_rawdata ,'\GOMECC\day',dfx1,'\P1_',dfx1,dfx2];

ppp=1;
disp(dfl);

flist=fopen(dfl,'r');
dump1=fgetl(flist);
dump2=fgetl(flist);

Licor_time=[];
Licor_CO2=[];
Licor_H2O=[];
Licor_Press=[];
Licor_Temp=[];

while ~feof(flist)
   z=fscanf(flist,'%g,%g %g %g %g %g',[6,inf]);
   if isempty(z);
      fgetl(flist);
   end;
   chk=size(z);
   if chk(1)==6,
      Licor_time =[Licor_time  z(1,:)/1000];
      Licor_CO2  =[Licor_CO2   z(3,:)];
      Licor_H2O  =[Licor_H2O   z(4,:)];
      Licor_Press=[Licor_H2O   z(2,:)];
%   Licor_CO2=  [Licor_CO2   (1:Lenlic-length(Licor_Cress=[Licor_Press z(6,:)];
      Licor_Temp =[Licor_Temp  z(5,:)];
   end;
end;

Licor_time=Licor_time-Licor_time(1);
[test, m, n] =unique(Licor_time);


%despike Licor

      licor_CO2  =despike(Licor_CO2);
      
      Licor_CO2_2=licor_CO2;
        ii=find(isnan(licor_CO2)); 
        for jj=1:length(ii)
            if isnan(licor_CO2(1));
               Licor_CO2_2(ii(jj))=Licor_CO2(ii(jj)); 
            else
               Licor_CO2_2(ii(jj))=Licor_CO2_2(ii(jj)-1);
            end;
        end;
      Licor_CO2=Licor_CO2_2;
      
      
      licor_H2O=despike(Licor_H2O);
      
      Licor_H2O_2=licor_H2O;
        ii=find(isnan(licor_H2O)); 
        for jj=1:length(ii)
            if isnan(licor_H2O(1));
               Licor_H2O_2(ii(jj))=Licor_H2O(ii(jj)); 
            else
               Licor_H2O_2(ii(jj))=Licor_H2O_2(ii(jj)-1);
            end;
        end;
      Licor_H2O=Licor_H2O_2;
      
      
      licor_Press=despike(Licor_Press);
      
      Licor_Press_2=licor_Press;
        ii=find(isnan(licor_Press)); 
        for jj=1:length(ii)
            if isnan(licor_Press(1));
               Licor_Press_2(ii(jj))=Licor_Press(ii(jj)); 
            else
               Licor_Press_2(ii(jj))=Licor_Press_2(ii(jj)-1);
            end;
        end;
      Licor_Press=Licor_Press_2;
      
      
      licor_Temp =despike(Licor_Temp);
      
      Licor_Temp_2=licor_Temp;
        ii=find(isnan(licor_Temp)); 
        for jj=1:length(ii)
            if isnan(licor_Temp(1));
               Licor_Temp_2(ii(jj))=Licor_Temp(ii(jj)); 
            else
               Licor_Temp_2(ii(jj))=Licor_Temp_2(ii(jj)-1);
            end;
        end;
      Licor_Temp=Licor_Temp_2;
%if length(Licor_CO2)<Lenlic,O2)).*0+Licor_CO2(length(Licor_CO2))      ];
%   Licor_H2O=  [Licor_H2O   (1:Lenlic-length(Licor_H2O)).*0+Licor_H2O(length(Licor_H2O))      ];
%   Licor_Temp= [Licor_Temp  (1:Lenlic-length(Licor_Temp)).*0+Licor_Temp(length(Licor_Temp))   ];
%   Licor_Press=[Licor_Press (1:Lenlic-length(Licor_Press)).*0+Licor_Press(length(Licor_Press))];
%end;

%if length(Licor_CO2)>Lenlic,
%   Licor_CO2=Licor_CO2(1:Lenlic);
%   Licor_H2O=Licor_H2O(1:Lenlic);
%   Licor_Temp=Licor_Temp(1:Lenlic);
%   Licor_Press=Licor_Press(1:Lenlic);
%end;



if length(Licor_CO2)>Lenlic | length(Licor_CO2)<Lenlic
    Licor_CO2a=interpft(Licor_CO2,Lenlic);
    Licor_H2Oa=interpft(Licor_H2O,Lenlic);
    Licor_Tempa=interpft(Licor_Temp,Lenlic);
    Licor_Pressa=interpft(Licor_Press,Lenlic);
end;

% Licor_time=0:(3600/length(Licor_time)):(3600-(3600/length(Licor_time)));
% Licor_time2=0:0.1:3599.9;
% Licor_H2O_interpft=interpft(Licor_H2O,Lenlic);
% Licor_H2O_interp1=interp1(Licor_time,Licor_H2O,Licor_time2,'spline');
% Licor_H2O_spline=spline(Licor_time, Licor_H2O, Licor_time2);


Press_1=mean(Licor_Press(1:1*Nlenlic));
Press_2=mean(Licor_Press(1*Nlenlic+1:2*Nlenlic));
Press_3=mean(Licor_Press(2*Nlenlic+1:3*Nlenlic));
Press_4=mean(Licor_Press(3*Nlenlic+1:4*Nlenlic));
Press_5=mean(Licor_Press(4*Nlenlic+1:5*Nlenlic));
Press_6=mean(Licor_Press(5*Nlenlic+1:6*Nlenlic));

std_Press_1=std(Licor_Press(1:1*Nlenlic));
std_Press_2=std(Licor_Press(1*Nlenlic+1:2*Nlenlic));
std_Press_3=std(Licor_Press(2*Nlenlic+1:3*Nlenlic));
std_Press_4=std(Licor_Press(3*Nlenlic+1:4*Nlenlic));
std_Press_5=std(Licor_Press(4*Nlenlic+1:5*Nlenlic));
std_Press_6=std(Licor_Press(5*Nlenlic+1:6*Nlenlic));

%disp('pause');pause